La sobrepesca es la principal amenaza. Su lento proceso para alcanzar la edad adulta (entre 8 y 12 años) lo hace especialmente vulnerable a la sobrepesca. Existen dos poblaciones de atún rojo atlántico: una población occidental más pequeña que desova en el golfo de México y una más grande que lo hace en el Mediterráneo. La almadraba que tiene lugar en el sur de España captura ejemplares en el momento más crítico para la especie, el momento del desove. El atún de la almadraba andaluza se destina casi en su totalidad a cubrir la demanda del mercado japonés. La especie está clasificada como en “Peligro Crítico” por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza.

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